Chaque année, les comptables publics rendent comptes  à la Cour des comptes de la bonne tenue de leurs écritures et de la bonne conservation des fonds et valeurs. Ils sont responsables, sur leur patrimoine personnel, de la gestion de ces fonds et valeurs dont ils ont la garde.

Dans l’hypothèse où un compte présente des irrégularités ou des insuffisances de fonds, la Cour, après  avoir écouté le comptable intéressé, prend un arrêt de débet.

Elle peut en outre, en fonction de la gravité de la faute commise et des insuffisances de l’infraction, infliger une amende au comptable défaillant, dans la double limite du montant de l’arrêt de débet et d’une année de salaire du comptable intéressé. (Article 35 de la loi organique L/046 du 18 Janvier 2013).

Le comptable est déchargé lorsque les comptes présentés sont exacts et réguliers.

Elle évalue l’économie, l’efficacité et l’efficience de l’emploi des fonds publics au regard des objectifs fixés, des moyens  utilisées et des résultats obtenus ainsi que la pertinence et la fiabilités des méthodes, indicateurs et données permettant de mesures la performance des politiques et administrations (articles 11 de la loi organique L/046 du 18 Janvier 2013).

La Cour contrôle la gestion des services de l’Etat, des établissements publics de l’Etat, des collectivités territoriales et locales et de leurs établissements publics.

Elle contrôle la gestion des sociétés d’Etat, des sociétés d’économie mixte ou des sociétés anonymes dans lesquelles l’Etat possède une part du capital social ou accorde une contribution financière.

La Cour des comptes contrôle les instituions de sécurité sociale, y compris les organes de droit privé qui assurent, en tout ou en parti, la gestion d’un régime de prévoyance ou de retraite légalement obligatoire.