Le siège a pour mission de contrôler et de juger les comptes en rendant des arrêts  et en produisant des rapports sur la base des trois (3) principes fondamentaux de l’indépendance, de la collégialité et de la contradiction :

• L’indépendance repose à la fois sur les statuts à donner à un contrôle, mais aussi sur celui de ses magistrats inamovibles ;
• La contradiction est la phase de la procédure juridictionnelle ou non, qui suit l’instruction. Elle consiste à donner au contrôlé le droit  de faire connaitre son point de vue sur le document provisoire qui lui  a été transmis par la juridiction. Les observations définitives, lorsqu’elles sont rendues publiques, le sont avec les commentaires de l’organisme contrôlé.
• La collégialité signifie que les suites à donner à un contrôle, font l’objet d’un délibéré collégial de la formation. La décision prise dans le cadre d’une formation collégiale, neutralise les positions personnelles qui sont couvertes par le secret du délibéré ;
• Le ministère public est représenté par le Commissaire General du Gouvernement et deux Commissaires du Gouvernement. Il a pour mission de veiller au respect de la loi par voie de réquisitions et de conclusions. Il concourt à la prise de décisions de la Cour.

Le Secrétariat Général, dirigé par un Secrétaire Général chargé, sous l’autorité du Premier Président, de la coordination, de l’animation et du contrôle des activités des services administratifs et financiers de la Cour des comptes ainsi que du greffe.

Le greffe enregistre les comptes et les autres documents comptables produits à la Cour et en assure la distribution dans les chambres destinataires aux fins de mise en contrôle. Il procède ensuite à l’archivage desdits comptes et document. Il notifie les arrêts et actes, certifie les copies et extraits de ces actes juridictionnels.

La Cour se réunit dans le cadre des formations suivantes :

• en audience plénière ;
• en audience solennelles ;
• en chambres réunies ;
• en chambre de discipline budgétaire et financière ;
• en comité du rapport général et la programmation.